특히 이날 국감장에서는 사단장 등 군 관할관이 군 검찰과 재판관을 임명하고, 형 감경권까지 행사하고 있는 군 사법체계에 대한 비판이 제기됐다.

서기호 정의당 의원은 사단장이 군사법원 관할관을 겸하고 있는 등 현행 군 사법체계에 대한 문제점을 집중 제기했다. 서 의원은 "과거 조선시대 원님들이 행정과 사법을 함께 한 것처럼 (군에선 행정과 사법이) 통합돼 있다"며 "사단장이 사법부의 모든 지휘·감독권을 갖고 있는 것이다. 사단장이 사건을 덮자고 하면 얼마든지 사건의 은폐·축소가 가능한 것"이라고 지적했다.

이에 한민구 국방장관은 "군의 특수성만 강조하는 것이 아니라 헌법과 법률이 정한 테두리 내에서 (군사법원이) 운영되고 있다"며 "법관에 의해 재판받을 권리를 필두로 공정성 등 여러가지 문제를 잘 생각하고 의견을 모아가고 있다"고 말했다.

서 의원은 "윤 일병 사건도 부대 내 폭행·가혹행위 사건인데 (사건이) 밝혀지면 사단장이 책임질 수 있다. 그래서 사단장이 헌병대를 통해 적당히 은폐·축소하도록 압력을 넣을 수 있는 상황"이라며 "수사와 재판의 공정성과 너무 동떨어진 것"이라고 밝혔다.

그는 "군의 특수성을 인정하더라도 일반적인 수사의 권리를 넘어서면 안되는 것"이라며 "그래서 윤 일병 사건도 4개월 동안 축소·은폐됐던 것"이라고 말했다.

한 장관은 "논리적으로 그렇게 말씀하실 수 있고 타당한 면이 있다"면서도 "군 재판관들도 그렇게 무도한 사람들만은 아니다. 민주적 소양과 의식을 갖고 있는 사람들"이라며 "국민 여러분께서 걱정하시는 것처럼 자의적으로 무도하게 권한을 행사하지 않는다. 대한민국 사회에서 그렇게 은폐할 수 있는 사건이 아니다"라고 말했다.

이어 "은폐의도를 갖고 있었던 것은 아니고 고소장이나 수사기록을 보면 유가족에게도 다 알려진 것이지만 저희가 적시에 언론에 브리핑했으면 이렇게 참담한 결과가 없었을 텐데…"라고 했다.

이에 새정치민주연합 소속 이상민 위원장은 "장관의 인식이 그정도 밖에 안되는 게 큰 문제라고 생각한다"며 "그런 답변 들으려면 이 국감장이 왜 필요한지 싶다. 구체적으로 답변하시고 그렇게 하시면 국민으로부터 책임 추궁을 받아서 징계거부 운동이 벌어질 상황이다. 위기 상황을 인식해서 어떻게 해야 하겠다는 생각을 해야지 변명을 하면 안된다"고 지적했다.

임내현 새정치민주연합 의원은 "장관께서 답변하신 것에 충격을 받고 (질의 순서를 바꿔) 윤 일병 사건에 대해 질의하겠다"며 "국민적 분노를 이기지 못해서 (사과를) 한 것 같아 반성해야 하고 그 뒤에 (여론이) 갈아앉는 것 같으니까 얘기가 달라지고 있다"고 말했다.

이에 한 장관은 "그동안 여러차례에 걸쳐 죄송하다는 말씀을 드렸고 군이 환골탈태해야 한다는 생각엔 변함이 없다면서 "제가 답변하면서 저희 의지가 퇴로한 것으로 보였다면 말하는 방법상의 문제가 있는 것이다. 의지를 갖고 있다는 것을 말씀드린다"고 말했다.